En 1989, Rodrigue Jean réalise son premier court métrage intitulé La Déroute, puis le documentaire La Voix des rivières et le court métrage La Mémoire de l'eau. Deux longs métrages dramatiques populaires et acclamés par la critique ont suivi : Full Blast en 1999 et Yellowknife en 2001. Ensuite, il y a eu les documentaires L'extrême frontière en 2006 et Hommes à louer en 2008. Lost Song, son troisième long métrage de fiction, remporte le prix du meilleur long métrage canadien au TIFF en 2008. Il consacre ensuite plusieurs années à la réalisation de documentaires avec le collectif de cinéma Groupe Épopée. En 2014, L'amour au temps de la guerre civile est également présenté en première au TIFF. Il réalise en 2020 L'acrobate, son cinquième long métrage de fiction. En 2022, il coréalise 2012/Dans le coeur qui marque le dixième anniversaire de la grande grève étudiante de 2012 au Québec.